לאוצר אין נתונים מלאים על כל הגופים הציבוריים שכלולים בהסדר פנסיה תקציבית
מבקר המדינה מצא אי דיוקים בחישוב יתרת ההתחייבות ובבקרה עליה. לא נעשה תיעוד או ניתוח בנושא הנטל של תשלומי הפנסיה על תקציב המדינה
מהביקורת עולה כי אגף התקציבים באוצר לא הכין ניתוח כולל בנושא הנטל העתידי של תשלומי הפנסיה התקציבית על תקציב המדינה. האגף גם לא צירף מידע בנושא זה לדברי ההסבר להצעת התקציב לשנים 2008 ו- 2009. תהליך המעקב אחר היקף הנטל העתידי שיטילו חובות הפנסיה התקציבית על תקציב המדינה אינו שקוף ולא התבצע תיעוד שלפיו אמורות להתקבל החלטות בנושא.
באוגוסט 2007 החליטה הממשלה על הקמת ועדה ציבורית לבחינת נושא התחייבויות הממשלה לפנסיה התקציבית. על הוועדה היה להגיש את המלצותיה לשר האוצר עד סוף חודש אפריל בשנה שעברה. בפועל, עד מועד סיום הביקורת, בספטמבר 2008, הוועדה עדיין לא הוקמה. נמצאו גם ליקויים בתהליך חישוב סכום ההתחייבויות של המדינה, המתבצע באגף החשב הכללי באוצר.
משרד האוצר עדיין לא סיים את מיפוי הגופים שבשליטת הממשלה, ולכן הוא לא כלל את יתרת ההתחייבויות של גופים אלה לפנסיה תקציבית בדו"ח הכספי שלו. ההתחייבויות לפנסיה תקציבית של מערכת הביטחון ושל משרד החינוך אינן מבוססות על נתונים שנבדקו כראוי. מרבית ההוצאה לפנסיה תקציבית כלולה בסעיף תקציבי אחד, וההוצאות של כל אחד מגופי הממשלה אינן נרשמות בנפרד.
