הירוקים הפסידו בקרב על הרכבת לירושלים: הקו יעבור בנחל יתלה
הארגונים הירוקים הציעו לבנות מנהרה מתחת לנחל, אך משרד הפנים אימץ את חלופת הגשר בנחל, תוך הבטחה למיזעור הנזקים לסביבה
הצעתם של הארגונים הירוקים למנהור קטע מהתוואי מתחת לנחל יתלה נדחתה. בנימוקי ההחלטה נמסר כי "ההחלטה התקבלה
לפני כשבועיים הוגש לוועדה דו"ח של צוות מומחים שקבע כי ישנו פער של 450 מיליון שקל בין ההצעה של רשות הטבע והגנים לבין הצעת רכבת ישראל לשינוי התוואי.
בשנת 2005 אושר תוואי הרכבת המהירה לירושלים. רשות הטבע והגנים והחברה להגנת הטבע התנגדו לתוואי שאושר, והציעו שיונמך באזור נחל יתלה ויהיה במנהרה ולא בגשר.
החברה להגנת הטבע מסרה בתגובה כי מדובר ב"החלטה אומללה ואנטי סביבתית".